Anja Hufnagel studierte Blockflöte bei Marion Verbruggen, Baldrick Deerenberg und Heiko ter Schegget an der Hoogeschool voor de Kunsten in Utrecht. Sie absolvierte 1993 das Konzertexamen. Seit 1992 lebt sie in Berlin. 1993 wurde sie durch die Gotthard-Schierse-Stiftung gefördert. Für das Musikinstrumenten-Museum Berlin spielte Anja Hufnagel 1994 die historischen Blockflöten als Hörbeispiel ein. 1997 erschien ihre erste CD, 1999 erfolgte eine weitere CD Produktion. Mit den durch sie gegründeten Ensembles „Isle of Beauty“, „Petite folle“ und „les Baronnies“ gewinnt sie drei Mal in Folge den Wettbewerb Alte Musik Treff im Musikinstrumentenmuseum Berlin. Auf ihrer letzten CD Aufnahme von 2008 erklingt Musik der Renaissance mit dem Klemisch Consort Berlin. In den letzten Jahren widmet sich Anja Hufnagel intensiv der Traversflöte und tritt sowohl solistisch als auch im Orchester (u. a. Lauten Compagney) im In- und Ausland auf.