Ernst Kubitschek schloss sein umfangreiches Musikstudium in seiner Heimatstadt Wien mit den künstlerischen Reifeprüfungen für Blockflöte (mit Auszeichnung, bei René Clemencic) und Orgel (Alois Forer) an der Musikhochschule Wien, sowie Musik- wissenschaft an der Universität Wien ab. Als vielseitiger Musiker ist Ernst Kubitschek sowohl als Flötist wie als Continuo- spieler und Organist in ganz Europa und USA gefragt. Viele Konzerte führten ihn mit seinem Ensemble "Affetti Musicali" sowie mit weiteren Gruppen über die Kontinente. Er unterrichtet seit vielen Jahren an der Musikuniversität Mozarteum Salzburg und am Landeskonservatorium Innsbruck, wo er neben seinem instrumentalen auch sein musikgeschichtliches Wissen weiter- gibt. Zusammen mit Marianne Rônez wurde er 2000 mit dem Jakob-Stainer-Preis für besondere Verdienste in der Alten Musik ausgezeichnet. CD-Aufnahmen, Unterricht in Workshops (Europa und USA) und Internationalen Sommerkursen, Editionen von Musik des 17. Und 18. Jahrhunderts und viele Publikationen zur Aufführungspraxis runden seine Aktivitäten ab.